وفق آیین نامه صدور مجوز و نحوه فعالیت شرکت های نمایندگی کشتیرانی، ثبت شرکت کشتیرانی مستلزم اخذ مجوز از سازمان بنادر و دریانوردی می باشد. به موجب این آیین نامه، شرکت نمایندگی کشتیرانی به شخص حقوقی ایرانی دارای مجوز فعالیت از سازمان گفته می شود که از طرف مالک کشتی یا خطوط کشتیرانی یا اجاره کننده یا هر شخصی که مجاز به اداره و بهره برداری کلی یا جزئی از کشتی است ، به فعالیت های مندرج در ماده 2 این فصل اشتغال می یابد.
شرایط عمومی مدیرعامل شرکت کشتیرانی:
1- تابعیت ایران
2- حداقل سن 25 سال
3-  انجام خدمت نظام وظیفه یا معافیت دائم در صورت ضرورت
4- عدم اشتغال به كار در دستگاه های دولتی ، مؤسسات عمومی غیر دولتی و نیز شركت هایی كه بیش از پنجاه درصد از سرمایه یا سهام آنها متعلق به مراجع مزبور باشد و نداشتن سمت مشابه در سایر شرکت ها .
5- آشنایی به زبان انگلیسی.

شرایط حرفه ای مدیرعامل و مدیر شعبه /نمایندگی  :
الف- شرایط مدیرعامل :
مدیرعامل باید دارای مدرك تحصیلی لیسانس با چهار سال سابقه ، فوق دیپلم با شش سال و یا دیپلم با هشت سال سابقه كار مفید اجرایی در بخش عملیات كشتیرانی و یا نمایندگی كشتیرانی باشد .
تبصره: شرط مدرک تحصیلی برای مدیران عامل فعلی شرکت هایی که تا تصویب این آیین نامه مجوزهای   مربوطه را از سازمان دریافت نموده اند، لحاظ نمی گردد.
ب- شرایط مدیر شعبه/ نمایندگی :
مدیر شعبه/ نمایندگی باید دارای حداقل مدرك تحصیلی دیپلم و 2 سال سابقه كار مفید اجرایی در بخش عملیات کشتیرانی و یا نمایندگی کشتیرانی و آشنا به زبان انگلیسی باشد.
ج : نحوه احراز شرایط: به منظور احراز سابقه كار مفید ارائه یكی از مدارك ذیل ضروری است :

    تأییدیه یا حكم كارگزینی یا بازنشستگی صادر شده دستگاه های دولتی یا عمومی كه مبین سوابق مرتبط اجرایی در آن دستگاه ها باشد .
    روزنامه رسمی كشور مبنی بر عضویت متقاضی به عنوان مدیرعامل موضوع این آیین نامه .
    تأییدیه سازمان تأمین اجتماعی یا مناطق آزاد و ویژه مبنی بر اینكه متقاضی در شركت های موضوع این آیین نامه اشتغال داشته و حق بیمه پرداخت نموده است .
    تأییدیه سابقه كار در خارج از كشور توسط سازمان های دولتی ، عمومی ، مراكز خصوصی معتبر در آن كشور با گواهی سفارت جمهوری اسلامی ایران.
    تطبیق شرایط و الزامات :

1-كلیه شركت ها اعم از شركت هایی كه قبل از تصویب این آیین نامه مجوز فعالیت دریافت نموده اند یا
شركت هایی كه بعداً مجوز دریافت خواهند نمود ، مكلفند به منظور جبران خسارات احتمالی ناشی از انجام وظایف و فعالیت های خود و كاركنان شان در اسكله ، اماكن و محوطه های بندری نسبت به سپردن تضمین به مبلغ پنجاه میلیون ریال اقدام نمایند .
2- دارا بودن دفتر مركزی مستقل با كاربری اداری برای انجام فعالیت .
3- دارا بودن دفتر شعبه/نمایندگی مستقل با كاربری اداری حداقل در یکی از بنادر مورد نظر برای انجام
فعالیت .
تبصره : شرکت های نمایندگی کشتیرانی می توانند در سایر بنادری که دارای شعبه / نمایندگی نیستند از خدمات شرکت های دارای مجوز رسمی از سازمان یا شعب/نمایندگی شرکت های همکار ، استفاده نمایند .
4-به منظور ساماندهی فعالیت شركت ها و ترغیب آنها به رعایت هر چه بهتر و بیشتر استانداردها و توجه به صلاحیت های تخصصی كاركنان و تجهیز امكانات ، سازمان نسبت به طبقه بندی شركت های موصوف براساس دستورالعملی كه با هماهنگی اتاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران تهیه و به تصویب شورای عالی هماهنگی ترابری می رسد ، اقدام خواهد نمود . شركت ها مكلفند اطلاعات مربوطه را در اختیار سازمان قرار دهند .
5-شركت ها باید در سربرگ های مكاتباتی خود به فعالیت نمایندگی كشتیرانی نیز اشاره نمایند.
6-شركت ها موظفند تغییر مدیرعامل ، مدیر شعبه / نمایندگی ، اعضاء هیأت مدیره ، اساسنامه و هر گونه تغییر در نشانی مـركز اصلی ، شعب/نمایندگی و تلفن شركت را قبل از انجام مراحل ثبت به اطلاع سازمان رسانده و تأییدیه های لازم را اخذ نمایند .
7- شركت ها موظفند دارندگان امضای مجاز را رسماً به سازمان معرفی نمایند .
8-تغییر مدیرعامل ، اعضاء هیأت مدیره و مدیر شعبه/نمایندگی منوط به احراز شرایط مذكور در این
آیین نامه و اعلام به سازمان و تأیید آنها بر اساس ماده هشتم آیین نامه خواهد بود .
9- شركت ها موظفند در به كارگماری كاركنان خود نهایت دقت را در رعایت دستورالعمل های مربوطه خصوصاً از نظر شرایط عمومی و حرفه ای به كار برده و بر نحوه عملكرد آنها بطور مستمر نظارت مؤثر به عمل آورند .
10- مدیرعامل ، مدیر شعبه/نمایندگی و کاركنان عملیاتی شرکت موظفند بر اساس دستورالعمل سازمان کلیه دوره های آموزشی و توجیهی لازم را با موفقیت طی نمایند .
تبصره 1 : در صورتی که اشخاصی حضور در دوره های فوق الاشاره را ضروری ندانند می بایست تقاضای مکتوب خود را با ذکر دلایل و مستندات به اداره امور شرکت های سازمان و یا بنادر تابعه منعکس تا تصمیم لازم در این خصوص اتخاذ گردد.
تبصره2 : نحوه ارزشیابی گواهینامه مؤسسات آموزشی ، چگونگی برگزاری آزمون كتبی ، عناوین و محتوای دوره های آموزشی مورد نیاز به موجب دستورالعمل سازمان خواهد بود .

    صدور مجوز فعالیت :

صدور مجوز فعالیت در زمینه نمایندگی كشتیرانی منوط به احراز صلاحیت های مذكور در این آیین نامه و ارائه اساسنامه و مدارك ثبت و آخرین روزنامه رسمی كه مبین صلاحیت شرکت در زمینه فعالیت نمایندگی كشتیرانی باشد ، خواهد بود .
تبصره 1 : قبل از اعطاء مجوز فعالیت به منظور رعایت مقررات داخلی و مفاد آیین نامه بین المللی امنیت کشتی ها و تسهیلات بندری (ISPS-CODE ) مراتب از دفتر مركزی حراست سازمان و اداره حراست بنادر تابعه در مورد تایید مدیرعامل ، اعضاء هیأت مدیره و مدیر شعبه/نمایندگی شركت های موضوع این آیین نامه استعلام می شود.
تبصره 2 : در صورت عدم تأیید صلاحیت مدیران شركت ، سازمان تكلیفی به منظور صدور مجوز فعالیت نمایندگی كشتیرانی نخواهد داشت . حراست سازمان یا اداره حراست بنادر تابعه مكلفند ظرف یك ماه نسبت به ارائه پاسخ اقدام نمایند . بدیهی است چنانچه حراست سازمان یا اداره حراست بنادر تابعه به علت مفتوح بودن پرونده مدیران شركت های موضوع این آیین نامه در مراجع قضائی ، نظارتی و سایر مراجع قانونی ، قادر به ارائه پاسخ قطعی نباشند تا تعیین تكلیف نهایی پرونده ، از صدور مجوز فعالیت خودداری خواهد شد .
تبصره 3 : مرجع تشخیص کمی و کیفی صلاحیت و تجربه کارکنان ، تجهیزات عملیاتی ، وسایل ایمنی و سایر موارد مربوط به امکانات شرکت های موضوع این آیین نامه ، سازمان خواهد بود .
تبصره 4 : شرکت های موضوع این آیین نامه رأساً نسبت به بازاریابی و عقد قراردادهای مربوطه
اقدام می نمایند و سازمان هیچ گونه تعهد و مسوولیتی در این زمینه ندارد .

    مدارک لازم ثبت شرکت کشتیرانی عبارتند از :

* اصل اساسنامه که تمامی صفحات آن توسط تمامی سهامداران شرکت امضا شده باشد. ( 2 نسخه )
* اصل شرکتنامه که تمامی صفحات آن توسط تمامی سهامداران امضا شده باشد. ( 2 نسخه )
* اصل اظهارنامه ( تقاضانامه ) که تمامی صفحات آن توسط تمامی سهامداران شرکت امضا شده باشد. ( 2 نسخه )
*اصل صورتجلسه مجمع عمومی که تمامی صفحات آن توسط تمامی سهامداران شرکت امضا شده باشد. ( 2 نسخه )
* اصل صورتجلسه هیات مدیره، در صورت داشتن هیات مدیره ( 2 نسخه )

    وظایف شرکت های کشتیرانی

1- انجام امور مربوط به ورود ،  خروج و پاس كشتی ها در بنادر و حوزه مربوطه از قبیل اعلام نمایندگی به بندر ، درخواست ورود و خروج ، لیست جابجایی پرسنل كشتی ها ،  ارائه اطلاعات مورد نیاز بندر و پرداخت حقوق ، عوارض و هزینه های بندری متعلق به كشتی حسب مقررات مربوطه و تسویه حساب.
2- تدارك خدمات مورد نیاز كشتی و كاركنان آن در زمان حضور در بندر و محدوده های آن.
3- انجام ترتیبات لازم جهت تخلیه ، بارگیری ، بارشماری و تحویل و تحول كالا ،كانتینر و مسافرحسب مورد از طریق اشخاص دارای مجوز فعالیت از سازمان .
4- انجام ترتیبات لازم جهت تهیه و تكمیل اسناد محموله های وارده و یا صادره از/ به بنادر به منظور انجام تشریفات گمركی از جمله تنظیم صورت جلسات كسر و اضافه تخلیه و صدور ترخیصیه و تقاضای اصلاح مانیفست .
5- اخذ كرایه حمل و سایر مطالبات مربوط به كشتی ، كانتینر یا محموله و مسافر به نمایندگی از طرف کشتیرانی مربوطه .
6- بازاریابی در امور حمل و نقل دریایی و صدور اسناد حمل از طرف مؤسسه كشتیرانی مربوطه .
7- انجام تشریفات ترانزیت كالا اعم از ترانزیت داخلی ، خارجی و فعالیت های كارگزاری در مورد محمولاتی كه مقصد آن بندر ورودی نبوده و دارای مقصد داخلی و یا خارجی مشخص دیگری باشد.
دیگری باشد .  
8- رعایت موافقت نامه های منطقه ای و کنوانسیون های بین المللی مرتبط با موضوع این آیین نامه .
9- اعلام کتبی نام و مشخصات خطوط کشتیرانی داخلی و خارجی طرف قرارداد به سازمان.
10- اعلام كتبی عضویت در انجمن های صنفی و یا اتحادیه های منطقه ای به سازمان.
11- اعزام کارکنان برای طی دوره های آموزشی مرتبط .
12- استفاده از نرم افزار و سخت افزارهای مناسب به منظور  تسهیل در انجام وظایف مقرر .
13- شرکت های موضوع این آیین نامه مکلفند هنگام اخذ مجوز به سازمان گواهی نمایند که از کلیه مفاد این آیین نامه اطلاع حاصل نموده و متعهد به اجرای آنها می باشند .
14- رعایت کلیه قوانین ، مقررات ، آیین نامه ها و دستورالعمل های سازمان ، گمرك ، محیط زیست ،
مناطق ویژه اقتصادی – بندری ، مناطق آزاد تجاری و سایر مراجع ذیربط در زمینه مورد فعالیت .
15- سایر فعالیت هایی كه به موجب قوانین و مقررات مربوطه توسط شركت نمایندگی كشتیرانی انجام می گردد .

    چند نکته :

1. شركت هایی كه وضعیت آنها با این آیین نامه مطابقت ندارد ، موظفند حداكثر ظرف یك سال از تاریخ ابلاغ این آیـین نامه وضعیت خود را با مفاد آن تطبیق دهند.در غیر این صورت مجاز به فعالیت  نمی باشند.
2.مدت اعتبار مجوز صادر شده چهار سال تمام است و تمدید آن منوط به احراز شرایط مندرج در این
آیین نامه خواهد بود .
تبصره 1 : شرکت هایی که فعال می باشند و به صورت سالیانه گزارش فعالیت خود را به امور شرکت ها ارائه می نمایند نیاز به تمدید مجدد مجوز فعالیت ندارند .
تبصره2 : در صورت عدم دریافت گزارش فعالیت سال دوم ، امور شرکت ها نسبت به صدور تذکر کتبی به  شرکت اقدام می نماید .
تبصره3: در صورت عدم دریافت گزارش فعالیت در پایان سال سوم سازمان نسبت به لغو مجوز فعالیت اقدام
می نماید .